2009年我省新农合参合农民2350.29万人，参合率为95.26%，较2008年提高了3.68个百分点。龙岩、漳州、泉州、莆田、南平等市参合率达到96%以上。当年出生的新生儿进入新农合保障范围。全省新农合人均筹资标准提高到100元，最高支付限额达到当地农民人均纯收入的6倍以上。卫生院、县级和县级以上定点医疗机构的住院报销比例分别达到80%、60%和40%。门诊特殊病种补偿扩大到10个病种。三明、莆田、龙岩等市开展大额医疗费用补充补偿，切实减轻了农民大病负担。全省统一启用新农合管理应用软件，提高了基金管理水平与效率，实现了异地就诊信息即时传输，参合农民住院即时结报从县域向设区市定点医疗机构扩展。2009年全省新农合筹资总额达到24.29亿元（其中各级政府19.52亿元），补偿总额25.85亿元。住院补偿支出25.12亿元（含二次补偿），住院补偿165.48万人次；次均补偿1517.83元，比上年（1391.67元）提高了9.07 %；住院补偿比例达到47.2%，较上年（44%）提高了3.2个百分点。泉州、南平、漳州等市住院补偿率达到50%以上。特殊病种门诊统筹补偿84241人次，补偿金额5093.69万元，次均补偿604.69元。参合农民基本医疗保障水平较去年有了进一步提高